یکی از نکاتی که مرحوم آیت الله بهجت خیلی سربسته در باره امام خمینی (رحمة الله علیه) مطرح کردند، این بود که فرمودند :

"اسراری از آقای خمـــینی میدانم که تاکنون نگفته ام و نخواهم گفت."

هرچند آیت الله بهجت هیچ گونه توضیحی درباره اسراری که از امام خمینی (رحمة الله علیه) می دانستند ، بیان نکردند ، ولی از همین اشاره کوتاه ایشان می توان فهمید که :

اولا : امام خمینی (رحمة الله علیه) ، نه یک سرّ ، بلکه اسراری داشته اند که برخی از خواص از آنها مطلع بوده اند ؛ ولی پرده برداری از آنها را مصلحت نمی دانسته و یا اجازه فاش کردن آنها را نداشته اند.

ثانیا : امام خمینی (رحمة الله علیه)، درباره راز و رمزهای سیر و سلوک معنوی خود ، آن قدر کتوم بوده که اسرار معنوی او حتی پس از وفاتش و تاکنون فاش نشده ، در صورتی که کرامات بسیاری از اولیای الهی ، لااقل پس از وفات آنها معلوم گردیده است.