در سوابق سراج‌الدین موسوی در زمان تصدی مسئولیت کمیته انقلاب اسلامی، نکات منفی متعددی پیرامون عدم توجه جدی به حفظ بیت‌المال از جمله هدیه دادن سکه و دیگر امکانات به زیردستان، فرماندهان کمیته و حتی مشمولین سربازان نزدیک به خود، بدون حساب و کتاب مشاهده می‌شود. همچنین هنگامی که از سوی مقام معظم رهبری به وی اعلام می‌شود فقط یکی از مسئولیت‌های کمیته (فرماندهی کمیته و نمایندگی ولی فقیه در این نهاد) داشته باشد، وی به دلیل ناراحتی از این مسئله تصمیمات خاصی می‌گیرد. برای مثال برخی وام‌های تحویلی به مسئولین کمیته را بلاعوض اعلام می‌کند یا واگذاری زمین‌هایی به افراد اعم از مسئولین کمیته و دیگران. همچنین مواردی از فعالیت‌های اقتصادی با استفاده از جایگاه خویش در زمان تصدی ریاست کمیته وجود دارد.
سراج در دوران تصدی سفارت ایران در پاکستان با شیوه‌های پیچیده و سیاسی علیه ارکان نظام اقدام می‌نموده است. برای مثال نویسنده پاکستانی را برای بازدید به ایران فرستاده و از طریق هماهنگی قبلی در ایران ملاقات‌هایی برای وی با عناصری چون آغاجری، مزروعی و غیره ترتیب داده و در نتیجه نویسنده مذکور تحت تأثیر القائات آنان در بازگشت به پاکستان مقالاتی علیه ارکان نظام از جمله شورای نگهبان نوشته و در روزنامه‌های پاکستان منتشر می‌نمود. در همان زمان سراج‌الدین موسوی افراد صاحب نفوذ و اصحاب رسانه را به ایران برای سالگرد مراسم امام راحل(ره) اعزام نموده و برنامه‌های آموزشی برای آنان در قم توسط عناصر طیف منتظری با مسئولیت عناصری چون ایازی، میراحمدی، ادیب و... ترتیب می‌داده است. برای مثال در سال 79 تعدادی دانشجوی شیعه پاکستانی به بهانه مراسم سالگرد امام راحل(ره) به کشور اعزام شده و کلاس‌های عقاید، قرآن و اخلاق برای آنها توسط کاملان،ایازی، عبداللهیان از طیف منتظری در یک دوره 4 تا 5 روزه با هماهنگی سراج برگزار گردیده است یا اینکه در خرداد ماه سال 1385 توسط سراج‌الدین موسوی اردویی برای دانشجویان زن پاکستانی در قم به مدت دو هفته برگزار شده و مجدداً کلاس‌های تفسیر، کلام و اخلاق توسط عناصر طیف منتظری مانند ادیب، کاملان، ایازی و... برای آنان برگزار شده است.
یکی از موارد مهم در پیش‌زمینه فعالیت‌های سراج موضوع گرایش به جریان سیاسی منتظری و سابقه همکاری مؤثر با این جریان منحرف می‌باشد. سراج‌الدین موسوی ضمن ارتباط با طیف بیت مرحوم منتظری، در جلساتی با شیخ حسینعلی منتظری در زمان تصدی در زمان تصدی ریاست کمیته به همراه محمدحسین شریعتی اردستانی و دیگران شرکت داشته است. همچنین مواردی درخصوص به کارگیری عناصری از باند مهدی هاشمی در کمیته حتی در رده معاونین فرمانده کل کمیته موجود می‌باشد. براساس اذعان عناصری از باند مهدی هاشمی همانند حسنعلی مصطفایی، سراج‌الدین موسوی پس از دستگیری و برخورد با مهدی هاشمی و باند وی ارتباط خود را با طیف منحرف مذکور گسترش می‌دهد.
در سال 76 و پیش از انتخابات سراج از طرف سیدمحمد خاتمی برای نظرخواهی نزد مرحوم منتظری رفته و نظرات وی را به خاتمی منتقل می‌نماید. در اسفند ماه سال 79 و در پی ارتحال امام جماعت مسجد شیعیان، سراج‌الدین موسوی از طریق اعمال نفوذ در پاکستان و قم به دنبال جلب نظر یکی از مراجع عظام تقلید از طریق کانال‌های مختلف بوده است تا علیرغم نظر هیأت امنای این مسجد، فردی به نام اسد – ر – ن از ارادتمندان منتظری را به عنوان امام جماعت منظور نماید. از دیگر اقدامات سوء سراج می‌توان به توزیع رساله مرحوم منتظری در پاکستان، تلاش جهت ترویج مرجعیت وی و جمع‌آوری وجوهات و توزیع شهریه وی در آن کشور اشاره نمود.
شایان ذکر است در تاریخ 19/11/83 با هدف تعمیق ارتباط سراج‌الدین موسوی با طیف منتظری، دختر سراج به نام فاطمه موسوی با میثم هاشمی فرزند هادی هاشمی ازدواج نموده و مراسمی با حضور منتظری و اجرای خطبه عقد توسط وی صورت می‌پذیرد.
در راستای فعالیت در جریان منحرف بیت منتظری سراج‌الدین موسوی به نمایندگی از طیف منتظری در تاریخ 6/4/88 دیداری با عناصر ملی – مذهبی و نهضت آزادی همانند تقی رحمانی، هدی صابر و علیجانی به همراه احمد منتظری، ایازی و حسن متقی داشته است. سراج‌الدین موسوی در زمان فوت منتظری تازه به لندن سفر کرده بود که بلافاصله پس از اطلاع از این موضوع به ایران بازمی‌گردد. سراج سعی دارد به واسطه‌گری میان طیف منتظری با آقای سیدحسن خمینی بپردازد. برای مثال در تاریخ 12/11/88 پاسخ احمد منتظری به پیام تسلیت سیدحسن خمینی به مناسبت فوت منتظری را به سیدحسن خمینی منتقل می‌نماید.
نفوذی باند مهدی هاشمی در مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام(ره) کیست؟
سراج‌الدین موسوی به فعالیت در جریان فتنه پس از انتخابات دهمین دوره ریاست جمهوری به صورت کاملاً پنهان و با رعایت اصول حفاظتی پرداخته است. برای مثال در تاریخ 31/3/88 درجلسه‌ای به پافشاری بر ادامه و گسترش دامنه اعتراضات پرداخته و این را نظر خویش و مجمع روحانیون عنوان می‌دارد.
وی که نظر مساعدی درخصوص میرحسین موسوی داشته در تاریخ 17/1/88 در این مورد گفته است:
«... آقای موسوی در نظر من با این مصاحبه و دو ملاقاتی که به دیدن آقای خاتمی آمده است، با آن آقای موسوی که آن کار غیراخلاقی (اعلام کاندیداتوری پس از حضور خاتمی) را کرد، متفاوت شده است و گزینه مطلوبی برای ریاست جمهوری است...»
همچنین وی ضمن شرکت فعال درجلسات مجمع روحانیون در این مقطع، در صدور بیانیه مجمع مبنی بر ابطال انتخابات و دعوت به اغتشاش سهیم بودهاست. از سوی دیگر مشارالیه تلاش داشته برخی از اعضای بیت شریف امام راحل عظیم‌الشأن (ره) را تحریک نموده و مواضع آنان را رادیکال نماید. برای مثال می کوشد یکی از اعضای بیت امام به صدور نامه سرگشاده خطاب به رئیس سازمان صدا و سیما درخصوص مستند شاخص بپردازد.
سراج جلسات متناوبی با برخی عناصر طیف منتظری در تهران از جمله عبدالله نوری، عباسعلی روحانی داشت. سراج به صورت واضح به سیدحسن خمینی اعلام نموده که عید فطر اعلامی از سوی مقام معظم رهبری را قبول نداشته و بر همین اساس در آن روز قصد دارد به مسافرت برود (4 فرسخ از تهران خارج شود)
یکی دیگر از اقدامات سراج تحریک مجمع روحانیون و مجمع محققین و مدرسین برای صدور بیانیه در مقابل جامعه مدرسین درخصوص موضوع عدم صلاحیت شیخ یوسف صانعی جهت مرجعیت در دی‌ماه سال 88 می‌باشد.
سراج از ایازی می خواهد به همراه ادیب در حمایت از سیدحسن خمینی با فرید مدرسی مصاحبه کنند تا با هماهنگی سراج در مطبوعات منتشر شود. سراج‌الدین موسوی آشنایی کاملی به فنون اطلاعاتی داشته و بر همین اساس نسبت به پنهانکاری در امور دقت زیادی داشته و آموزش‌هایی به اطرافیان خود نیز داده است. ارتباط سراج‌الدین موسوی و سیدحسن خمینی به نحوی است که سیدحسن پس از اطلاع از مطالب مهم اولین فردی را که در جریان قرار می‌دهد، سراج است.
سراج در سال‌های گذشته از طریق برگزاری جلسات و گعده‌هایی، به برقراری ارتباط بین محسن کدیور و سیدحسن خمینی اقدام نموده و در این مورد گفته است:
«... جلسات گعده‌ای هم نتایج خوبی دارد. درجلسه گعده‌ای بین کدیور و حسن آقای خمینی صحبت خوب و مؤثری شد. در ضمن ما نباید بیت امام را رها کنیم. حسن آقا در اوایل شاید راضی نبود با عبدالله نوری بنشیند؛ با کدیور که به طریق اولی راضی نبود اما الآن به شکلی شده که با کدیور رفیق شده‌اند و به نظر من جلسه خوبی بود... الآن ارتباط حسن آقا با بیت آقا (منتظری) خیلی پخته‌تر و بهتر شده است...»
یکی دیگر از اقدامات سراج‌الدین موسوی پس از انتخابات، برنامه‌ریزی برای ملاقات با خانواده زندانیان جریان فتنه و برخی متهمان آزاد شده است که بر همین اساس سیدحسن خمینی و سیدیاسر خمینی را نیز برای مشروعیت‌بخشی به اقدام خویش همراه نمود که به برخی از آنها اشاره می‌شود:
1-دیدار با خانواده م حسن میردامادی در تاریخ 25/6/88 به همراه سیدحسن خمینی
2- دیدار با خانواده سیدعلیرضا بهشتی به همراه سید حسن خمینی در دهه فجر.
3- دیدار با محمدرضا جلایی پور پس از آزادی به همراه سید یاسر خمینی.
4- دیدار سراج با همسر محمدرضا جلایی پور به نام فاطمه شمس از عناصر جریان فتنه در فضای مجازی در تاریخ 8/5/88، سراج‌الدین موسوی در این دیدار ضمن ابراز همدردی با مشارالیه اظهار داشته است:
«... بنده از ظلمی که بر جوانان متعهد این کشور رفته و خون‌های بی‌گناهی که بر زمین ریخته است اعلام انزجار می‌کنم و آن را تناقض کامل با اندیشه و افکار امام خمینی می‌دانم...»
5- طراحی ملاقات سیدحسن با خانواده علیرضا بهشتی بلافاصله پس از نماز عیدفطر رهبری و حضور به همراه سید حسن خمینی در منزل علیرضا بهشتی.
شایان ذکر است دو تن از فرزندان سراج به نام‌های سیدعبدالله امین و سیدحسین موسوی در لندن ساکن بوده و در حال انجام تحصیلات دانشگاهی هستند و همین امر محملی برای سفرهای گاه و بیگاه وی به لندن فراهم آورده است. همچنین سراج سفرهای متعدد و مداومی به کشورهای خارجی از جمله پاکستان، قطر، امارات و... دارد. دختر سراج به نام فاطمه موسوی دانشجوی پزشکی و ساکن اصفهان و همچنین داماد وی میثم هاشمی (نوه منتظری) از فعالان جریان فتنه بوده‌اندکه در برخی ناآرامی‌ها و اغتشاشات پس از انتخابات در تهران شرکت نموده و همچنین در روز 14 خرداد سال 89 در منطقه جماران با نماد سبز حضور یافته و با نیروهای بسیج درگیر می‌شوند که پرونده آنان دردستگاه قضایی مفتوح و در دست بررسی می‌باشد.
سراج‌الدین موسوی فعالیت‌های اقتصادی مشترکی را با افرادی همچون غلامحسین کرباسچی و برخی مرتبطین وی دنبال می‌نماید. سراج‌الدین موسوی معمولاً سفرهای هفتگی به قم داشته و روزهای پایانی هفته را در قم به سر برده و در پوشش اداره کتابخانه اقبال لاهوری (واقع در خیابان صفائیه که بخش خاص ستاد موسوی در قم و محل تردد عناصر مسئله‌دار می‌باشد) به فعالیت در راستای جریان منحط منتظری پرداخته و نیز اخبار و اطلاعات مجمع روحانیون و سایر تحولات تهران را به مجمع محققین و مدرسین قم ارائه می‌نماید. براساس برخی نقل‌ها میان سیاسیون اصلاح‌طلب، سراج‌الدین موسوی با پوشش مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام (ره) اخیراً اقدام به وارد نمودن دستگاه میکروفن یاب کرده که به وسیله آن برخی اماکن مربوط به جریان فتنه چک شده است.
